JDBI не е много подходящ за конструиране на динамични заявки. IMO целият смисъл на тази библиотека е да разделя кода и SQL заявките колкото е възможно повече.
Вашият конкретен случай обаче може да бъде решен с помощта на SQL:
COALESCE(:foo, foo)
ако 'foo' е името на колоната в таблицата и :foo ще се разреши на NULL, тогава mysql SET ще бъде ефективно
SET foo=foo
т.е. няма да направи нищо (което е желано поведение във вашия случай). Ако :foo не е null, той ще бъде еквивалентен на
SET foo=:foo
