Свържете низа с броя на срещанията

Опитайте това:

SELECT presupuestos_id, p.proyectos_id, 
    CONCAT(pr.proyectos_codigo,'_',
        (CASE p.proyectos_id
        WHEN @p_id
        THEN @rownumber := @rownumber + 1
        ELSE @rownumber := 1 AND @p_id := p.proyectos_id END)
    )AS result
FROM presupuestos p 
JOIN proyectos pr ON p.proyectos_id = pr.proyectos_id
JOIN (SELECT @rownumber:=0, @p_id:='') AS t