Изберете и подредете връзката много към много

Вероятно нещо подобно на това:

SELECT
    a.person_id
FROM
    table AS a,
    table AS b
WHERE
    a.person_id = b.person_id AND
    a.favorite_id = 1 AND
    b.favorite_id = 2
ORDER BY
    ( IF( a.is_main_favorite = "y", 1, 0 )
      +
      IF( b.is_main_favorite = "y", 1, 0 ) ) DESC

Между другото:може да искате да съхраните 1/0 вместо y/n в базата данни, така че да нямате нужда от извикването IF