Имах същия проблем. Скорошна (януари 2013 г.) инсталация на XAMPP, но същата кодова база като производствения сървър и друга машина за разработка. Отне 2+ секунди всеки път, когато PHP се свърже с MySQL, а при някои транзакции имаше няколко връзки. Опитах skip-name-resolve във файла my.ini, това се провали напълно. След това направих промяна с един знак във файла hosts и всичко работи. Отидете на c:/windows/system32/drivers/etc. Редактиране на хостове. Премахнете знака # за коментар от локалния хост ред (или може би го добавете както по-долу)
# localhost name resolution is handled within DNS itself.
127.0.0.1 localhost
Спря и рестартира услугата MySQL. Това беше пълно решение.
