Доста се смущавам, но в случай, че има някой друг, който се сблъска с нещо подобно поради своята глупост,
грешката беше, защото папката се споделяше между windows и linux, а bundler беше стартиран на windows по-рано. Когато сте в ubuntu, по-рано инсталираните библиотеки на Windows се взимат вместо собствените библиотеки на Linux. Почистване на vendor/cache коригира проблема
