Има хубава презентация от Max De Marzi за ETL в Neo4j.
Вижте:http://www.slideshare.net/maxdemarzi/etl-into-neo4j
Зависи кой език искате да използвате, много опции от java, вградена чрез jruby и дистанционно чрез ruby, php, python.
Бихте искали да групирате вашите заявки в транзакции с подходящ размер (напр. 10k артикула на tx).
Възможно е да импортирате CSV файлове директно във файл с база данни с помощта на моя batch-importer или чрез BATCH REST API на сървъра Neo4j.