Php Mysql НЕ В масив засяга само първия резултат в масива

Не се нуждаете от цитата тук:

WHERE id NOT IN('".$exclude."')
                ^            ^

Също така можете да постигнете същия резултат с една заявка:

SELECT 
  id, 
  firstName, 
  lastName 
FROM members 
WHERE id NOT IN
  (SELECT 
     member_id 
   FROM appointments 
   WHERE joint_id = '$jointid')