Сравняване на два масива с различни имена на ключове

Дайте псевдоним на едно от или и на двете полета, така че да съвпадат по ключ:

$sql1 = "SELECT modname AS module FROM users_modules WHERE email='$email'";

Сега има ключ на module вместо modname .

Можете да използвате array_diff за намиране на разликата между масивите, стига да имат сходна структура. Във вашия случай това би било премахване на другите два ключа от втората ви заявка за DB.

Например:

$sql1 = "SELECT modname AS module FROM users_modules WHERE email='$email'";
$result1 = $conn->query($sql1);
while ($row = $result1->fetch_assoc()){
   $indMods[] = $row;
}

$sql2 = "SELECT module FROM modules WHERE level = '$level'";
$result2 = $conn->query($sql2);
while ($row2 = $result2 -> fetch_assoc()){
   $allMods[] = $row2;
}

$difference = array_diff($indMods, $allMods);

Документация за array_diff на PHP :http://php.net/manual/en/function.array- diff.php

Имайте предвид, че има много начини да направите това. Това е само едно.