Как да замените NULL с 0 в заявката?

Няма нужда да го обвивате с друг CASE/COALESCE/IFNULL или нещо друго, просто използвайте CASE EXPRESSION ELSE , в случай че всички условия не са изпълнени, ELSE ще се използва.

UPDATE users 
           SET reputation = reputation +
                            CASE WHEN id = ? THEN 2
                                 WHEN id = ? AND NOT ? THEN 15
                                 ELSE 0
                            END
          WHERE id IN (?, ?);