Редизайн на кода на приложението за намаляване на бр. на посещенията в базата данни от гледна точка на ефективността

във вашия цикъл while само изградете низ на заявка и изпълнете оператора извън цикъл. Така че нещо подобно трябва да работи (не съм сигурен за синтаксиса, тъй като писах php отдавна, но трябва да работи:

public function initiateInserts()
{
    //Open Large CSV File(min 100K rows) for parsing.
    $this->fin = fopen($file,'r') or die('Cannot open file');

    //Parsing Large CSV file to get data and initiate insertion into schema.
    $query = "";
    while (($data=fgetcsv($this->fin,5000,";"))!==FALSE)
    {
        $query = $query . "INSERT INTO dt_table (id, code, connectid, connectcode) 
                 VALUES (" . $data[0] . ", " . $data[1] . ", " . $data[2] . ", " . $data[3] . ")";
    }
     $stmt = $this->prepare($query);
     // Execute the statement
     $stmt->execute();
     $this->checkForErrors($stmt);
}