Ако имате UNIQUE индекс или PRIMARY KEY дефинирани в тези три колони, тогава да, можете да REPLACE INTO то. Добавете индекса, ако все още го нямате:
ALTER TABLE session_table ADD PRIMARY KEY (`id`, `key`, `metadata`);
Ако вече имате дефиниран PK, създайте композитен UNIQUE индекс в тези колони:
CREATE INDEX `idx_id_key_metadata` ON session_table (`id`, `key`, `metadata`);
Още за MySQL CREATE INDEX синтаксис