Същият проблем ми се случи заради schema_filter в моята конфигурация. Моят файл doctrine.yaml (Symfony 4) имаше следното:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(table_1|table_2|table_3)$~
Трябваше просто да добавя „migration_versions“ към филтъра на схемата така:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(migration_versions|table_1|table_2|table_3)$~