Как да съпоставим стойностите на две колони (една и съща таблица) по диагонал и да покажем резултата, когато не съвпадат

Може би нещо подобно:

SELECT * 
FROM bus_route b1 
LEFT JOIN bus_route b2 ON b1.from_city=b2.to_city AND b1.to_city=b2.from_city
WHERE b2.from_city IS NULL