За това служат скритите входове. Добавете такъв за вашия идентификатор:
<input type="hidden" name="id[]" value="<?=$rows['id']?>" />
Освен това не е необходимо да запазвате броя. Можете да преброите броя на елементите в масив, като използвате count($id) .
Накрая дезинфекцирайте въведените данни. Никога не поставяйте изпратени от потребителя данни направо в заявка. Използвайте intval за цели числа и mysql_real_escape_string за низове или използвайте подготвени изрази.