Django не използва ? за параметризирането, по-скоро използва параметри за стил на форматиращ низ, т.е. '%s' % 'hello' и т.н. Вижте Предаване на параметри в raw [Документи на Django]
.
Изглежда, че искате да направите заявка във формата LIKE '<SOMETHING>%' , първо не използвайте ? (използвайте %s вместо), след това, вместо да се опитвате да свържете в заявката, свържете в python себе си.
Следователно вашата заявка трябва да бъде като (Скъсени неподходящи части):
cursor.execute("SELECT ... a.gene_name LIKE %s ORDER BY ...", ('{}%'.format(gene),))
