Не мисля, че можете да пропуснете това поведение. Технически предавате низ, така че CI го интерпретира като такъв и просто го огражда с кавички.
Мисля, че е по-добре просто да свържете $empIDs на ръка (напр. с помощта на foreach цикъл), избягвайки ги с $this->db->escape() в случай, че искате да сте сигурни.
