MySQL сървърът изчезна - точно за 60 секунди

Опцията на php mysql.connect_timeout е причината за това. Използва се не само за изчакване на свързване, но и за изчакване на първия отговор от сървъра. Можете да го увеличите по следния начин:

ini_set('mysql.connect_timeout', 300);
ini_set('default_socket_timeout', 300);