По подразбиране root има достъп само от локалния хост, 127.0.0.1 &::1, трябва специално да разрешите достъп от 192.168.99.1 или от всяко място, като използвате '%' в настройката на потребителя:вижте тук http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/default- privileges.html