Написах няколко приложения, които смесват и съчетават релационни и нерелационни бази данни (MySQL, Mongo, PostGRES и Riak). Всъщност не е особено трудно в Rails да се направи това и дори написах библиотека, която създава връзки между различни типове бази данни (така че вашите модели на Ripple могат да "принадлежат на :user", където потребителската таблица е в MySQL).
Винаги трябва да оставяте вашите нужди да ръководят решенията. Не губете време да насочвате потребителите си към Mongo, ако ви е по-удобно да ги държите в релационна DB или се опитвате да прокарате информация за отчитане, която може да не се нормализира в MySQL таблица. Анализът на същностите, които съхранявате, и връзките между тях ще управляват вашите реализации.