Неуспешно преобразуване от тип [java.lang.Object[]] в тип [@org.springframework.data.jpa.repository.Query

Премахнете SELECT клауза:

@Query("FROM Extra join e.productExtra WHERE pe.productId = ?1")

Също така имайте предвид, че не пишете SQL заявка, работите върху обект, така че за присъединяване използвате картографираното свойство