Поправих проблема, но не съм сигурен дали това е правилният начин да го направя или проблемът наистина е отстранен. Добавих jboss-deployment-structure.xml файл към моя проект в директорията META-INF:
<jboss-deployment-structure>
<deployment>
<dependencies>
<module name="javax.api" />
<module name="javax.transaction.api" />
<module name="javax.xml.rpc.api" />
<module name="javax.rmi.api" />
<module name="org.omg.api" />
<module name="configext" />
</dependencies>
</deployment>
След това, в корена на инсталацията на сървъра, под modules/ добавих configext/ module/folder и копирах всичките си JAR файлове в него и добавих module.xml файл в директорията:
<module xmlns="urn:jboss:module:1.3" name="configext">
<dependencies>
<module name="javax.api" />
</dependencies>
<resources>
<resource-root path="mysql-connector-java-5.1.39-bin.jar"/>
<resource-root path="antlr-2.7.7.jar"/>
<resource-root path="cdi-api-1.1-PFD.jar"/>
<resource-root path="classmate-1.3.0.jar"/>
<resource-root path="dom4j-1.6.1.jar"/>
<resource-root path="el-api-2.2.jar"/>
<resource-root path="geronimo-jta_1.1_spec-1.1.1.jar"/>
<resource-root path="hibernate-commons-annotations-5.0.1.Final.jar"/>
<resource-root path="hibernate-core-5.2.1.Final.jar"/>
<resource-root path="hibernate-jpa-2.1-api-1.0.0.Final.jar"/>
<resource-root path="jandex-2.0.0.Final.jar"/>
<resource-root path="javassist-3.20.0-GA.jar"/>
<resource-root path="javax.inject-1.jar"/>
<resource-root path="jboss-interceptors-api_1.1_spec-1.0.0.Beta1.jar"/>
<resource-root path="jboss-logging-3.3.0.Final.jar"/>
<resource-root path="jsr250-api-1.0.jar"/>
</resources>
Четох някъде, че това добавя тези пакети към глобалния път на класа на сървъра. Може и да греша, но това изглежда работи. Ако това не е трайно решение или неправилен начин за правене на нещата, все още съм отворен за предложения. Благодаря ви много!