Това е знак за лош дизайн на DB, който първо трябва да разгледате Нормализация на базата данни и ако можете да промените структурата, тогава първо я нормализирайте с помощта на таблица за свързване, отсега можете да използвате FIND_IN_SET() за да намерите съответния идентификатор на запис в колоната за идентификатори, разделени със запетая
SELECT * FROM table
WHERE FIND_IN_SET('id1',column) > 0
AND FIND_IN_SET('id2',column) > 0
AND FIND_IN_SET('id3',column) > 0
Променете оператора според вашето желание, показах пример с оператор AND, имайте предвид, че трябва да използвате FIND_IN_SET
толкова пъти, колкото броя на идентификаторите, които имате във вашия масив, които трябва да сравните с вашата колона