Не знам кода за запалване, но по принцип вие искате той първо да направи обединението и след това да приложи реда за целия комплект. Това ще изисква подзаявка. Това трябва да доведе до следната SQL заявка:
select * from
((SELECT * FROM media m INNER JOIN category c ON m.category_id = c.id )
UNION ALL
(SELECT * FROM media m INNER JOIN category c ON m.category_id = c.id)) T
ORDER BY m.media_files DESC LIMIT 3
Надявам се да ви помогне.