Вашата заявка трябва да бъде като:
$query = "
select t1.id, t1.title, t1.description, group_concat(t2.size SEPARATOR ",") as sizes
from products as t1
inner join sizes as t2 on t1.id=t2.id
where t1.id in (select t3.id from sizes as t3 where t3.size in (".$size_list .")
group by t1.id, t1.title, t1.description
"
Малко обяснение. Когато присъедините две таблици, получавате всички редове от таблица sizes
за всички id
от таблица products
, така че id =1 се съединява с четири записа и id =2 се свързва с два записа. Така че трябва да обедините тези числа в един запис.