Това може да стане по различни начини.1. Конвертирайте вашия CSS в PHP, т.е. CSS се генерира, но всичко може да бъде динамично - вероятно излишно за няколко цвята2. Презапишете стиловете в таблицата със стилове
Най-простият начин, но вероятно не най-добрият, е номер 2, да надпишете стила след листа със стилове с новия цвят.
т.е. (sudo код)
<html><head>
....
<style ... src="..." />
<style>
// from db
#custom { background: #<?php echo $colour; ?> }
</style>
и др.
