След като опитах много неща, забелязах, че функцията to_sql не генерира правилния MySQL синтаксис, за да работи. Също така с подхода за промяна на wkb MySQL все още не разпознава тази колона като геометрия, ако оставя текста такъв, какъвто е (вижте снимката във въпроса).
Това, което работи за мен, беше да променя полето за геометрия на низ и го актуализирах в python, така че да изглежда така: 
След това продължих да използвам кода по-долу, където изпращам рамката с данни към MySQL и след това актуализирах таблицата, за да задам геометричната колона:
regions.to_sql('pr_regions', con=conn, schema='eq_pr_db',
if_exists='replace', index=False)
#add column type Polygon
conn.execute('''ALTER TABLE `eq_pr_db`.`pr_regions`
ADD COLUMN `geom` Polygon;''')
#populate new column by applying the ST_GeomFromText function to transform the string to geometry type.
conn.execute('''UPDATE `eq_pr_db`.`pr_regions`
SET geom = ST_GeomFromText(geometry) ;''')
