Зависи от нуждата ви от данни в края на деня. Трябва ли да можете да правите одити на данните извън превъртането на файл. Ако не е необходимо да преглеждате данните или да ги съхранявате завинаги, тогава плоският файл ще бъде по-бърз от MySQL, най-вероятно, ако просто добавяте в края на файл.
Ако имате нужда от данните, за да бъдат по-полезни, ще искате да ги съхраните в mysql. Бих предложил да структурирате таблицата си така:
id int
timestamp datetime default now()
desc varchar
По този начин не е нужно всъщност да създавате времеви печат в PHP и просто да оставяте mysql да свърши работата, след което ще можете да правите по-сложни заявки извън вашата таблица. Но друго съображение, върху което ще искате да помислите, е обемът на данните, влизащи в тази таблица, тъй като това също ще повлияе на крайното ви решение.