С горния код Mysql връзката се затваряше успешно. Просто връзката за излизане не се появяваше в регистрационните файлове на Mysql.
Когато проверих Mysql processlist, беше потвърдено, че връзката се затваря успешно.
В допълнение към горния проблем, ако има изрази на заявка, които трябва да се изпълнят с помощта на pdo, тогава обектът на манипулатора на изрази на pdo също трябва да бъде унищожен, за да се затвори mysql връзката, както е посочено в php-mysql-pdo-connection-not-closing-without-destroying-statement-handler .