Изхвърлете интервалите след -u и -p за начало. Знам, че изглежда странно, но mysql има аневризма, ако не го направите.
Също така, ако все пак сте в php, защо правите това? Просто извадете команда на mysql от php и без shell. Ако активната връзка, която имате, не разполага с идентификационни данни, за да го направите, използвайте нов обект за връзка с правилни идентификационни данни, направете го, след което затворете тази връзка.
Това наистина ме довежда до неудобния, но необходим въпрос за това, когато използвате shell, на каква кутия работи тази обвивка, клиентска машина, която не е сървърът?