Трябва да използвате собствена заявка, за да използвате функции на база данни като json_contains:
@Query("select c from CaseMessage c where c.caseId=?1 and c.id not in(select cm.id from CaseMessage cm where json_contains(status, '{\"status\": \"delete\"}') and json_contains(status, '{\"user_id\": ?2}'))", nativeQuery = true)
List<CaseMessageResponse> getAllCaseMessages(long caseId, long userId);
или с анотацията @NativeQuery
за повече информация:
Разлика между заявка, натив заявка, именувана заявка и въведена заявка