групирайте по стойности, които не са нулеви

Мисля, че следното прави това, което искате:

SELECT *, (To_days(date_expires)-TO_DAYS(NOW())) as dayDiff, COUNT(id) AS change_count
FROM mytable
GROUP BY (case when source_id is null then id else source_id end)
HAVING dayDiff < 4 
ORDER BY (case when source_id is null then 1 else 0 end), date_created DESC

Той прави условно group by така че NULL изходните идентификатори няма да бъдат групирани. След това ги поставя на последно място с помощта на логика в order by .

Не разбрах какво имаш предвид с последното събитие. Сега мисля, че го правя:

SELECT coalesce(s.id, mytable.id) as id,
       max(case when s.maxid is not null and s.maxid = myable.id then mytable.name
                when s.maxid is null then NULL
                else mytable.name
           end) as name,
       (To_days(date_expires)-TO_DAYS(NOW())) as dayDiff, COUNT(id) AS change_count
FROM mytable left outer join
     (select source_id, MAX(id) as maxid
      from mytable
      where source_id is not null
      group by source_id
     ) s
     on mytable.id = s.maxid
GROUP BY (case when source_id is null then id else source_id end)
HAVING dayDiff < 4 
ORDER BY (case when source_id is null then 1 else 0 end), date_created DESC

Това се присъединява към информацията от последния запис (въз основа на най-високия идентификатор).