Вмъквайте редове само когато съществува идентификатор от друга таблица

INSERT INTO your_id_table (ID) 
SELECT ID FROM my_system_table WHERE ID IN (list_of_ids)

Надявам се, че е ясно, с това изобщо не е нужно да правите никаква проверка, просто стартирате заявката и приключите с нея.