Проверете конфигурацията на двата двигателя. Възможно е конфигурацията на вашата машина InnoDB да е по-ефективна за вашите търсения от начина, по който сте настроили MyISAM.
Ключови стойности на конфигурацията е innodb_buffer_pool_size, където InnoDB кешира данни (и индекси, но нямате никакви индекси).
