Възстановяването на mysql база данни дава грешки

Е, от една страна, тази част от кода не пропуска коментари, той буквално ги добавя към вашия $templine :

    if(substr($line, 0, 2) == '--' || $line == '') //Skip all comments
        $templine.=$line;

Второ, тук се опитвате да изпълните заявка с $templine присвоен по-горе (ако някога е бил присвоен, или по друг начин '' ), където всъщност искате да изпълните заявка с $line :

    if(substr(trim($line), -1, 1) == ';'){
        mysql_query($templine) or print('Error: '.mysql_error().'<br>');

Така че по принцип това би трябвало да работи малко по-добре:

foreach($lines as $line){
    if(substr($line, 0, 2) == '--' || $line == '') //Skip all comments
        continue;
    if(substr(trim($line), -1, 1) == ';'){
        mysql_query(trim($line)) or print('Error: '.mysql_error().'in ' . $line . '<br>');
    }
}