Алтернатива на дизайна на база данни с изброени колони, което води до лошо представяне

Вместо

PRIMARY KEY (`expressionId`),
UNIQUE KEY `geneId` (`geneId`,`conditionId`),

използвайте

PRIMARY KEY(`geneId`,`conditionId`),
INDEX (`expressionId`),

Ако няма други таблици, препращащи expressionId , отървете се от тази колона и индекса върху нея.

Защо това помага? Данните са групирани с първичния ключ; търсите данни по geneId , което е началото на PK; следователно данните могат да бъдат извлечени по-ефективно, особено ако таблицата е много по-голяма от innodb_buffer_pool_size (което трябва да е около 70% от RAM).