Използвайте DefaultMutableTreeNode за да създадете своите възли
Направете карта на идентификаторите към възлите - докато получите своите възли от базата данни, ги съхранявайте в картата с идентификатора като ключ.
След като имате всичките си възли, преминете през тях още веднъж и съпоставете техните родителски идентификатори, като ги извлечете от картата.
Ако приемем, че вашето дърво е структурно здраво в базата данни, то ще бъде здраво и тук. Изберете произволен възел и следвайте родителската верига до корена.
С основния обект можете да създадете вашето JTree. :)