Комбинирали сте съединяване, разделено със запетая и Вътрешно съединение където сте използвали една и съща таблица повече от веднъж, което не е необходимо.
Ако не греша, това е, което търсите
SELECT `order`.`DATE`,
`order`.`day`,
shop.shop_name,
item.item_name,
scan.stack,
scan.stack_price,
scan.price,
scan.note
FROM `order`
join scan
ON `order`.order_id = scan.order_id
join shop
ON `order`.shop_id = shop.shop_id
join item
ON scan.item_id = item.item_id