Намерих решение:
Вместо да използвам еднократни събития и да ги активирам отново с ново начално време (което работи перфектно, стига само едно събитие да е включено), сега създавам повтарящи се събития и променям тези в тялото им. Така, например, с помощта на
ALTER EVENT `bot1`
ON SCHEDULE EVERY 52 MINUTE;
в тялото си ботът вече заспива за 52 минути. С този метод дори множество събития работят според очакванията и независими едно от друго.
Все още не знам какъв е проблемът с първия опит, но най-важно е да имаш работещо решение :)
