Ще затворя този проблем, успях да компилирам източника с по-стара VS2013 x64, версия на Visual Studio и CMake 4.3.1 ...
Изглежда, че новите промени във Visual Studio 2015 нарушават изходния код на конектора C, надявам се, че екипът на MySQL ще поправи това в бъдеща версия.