Открих, че това се случи, когато MySQL изразходва твърде много RAM. Този въпрос и тази публикация и двете помогнаха с начин за тестване и решение.
За мен добавянето на това към моя /etc/mysql/my.cnf файл отстрани проблема.
innodb_buffer_pool_size = 12M
Ето как реших колко памет да разпределя. Стартирайте всичко освен MySQL и проверете колко памет е свободна. Задайте своя InnoDB буфер на 10% от това количество. За мен беше 12 млн.
