Ако данните са в правилната папка, те ще бъдат видими в MySQL или ще получите грешки при стартиране на сървъра. Проверете /var/log/messages и вашия дневник за грешки в MySQL (както е дефинирано във вашата конфигурация).
Ако не получавате никакви грешки и не можете да видите данните, е вероятно пътят на данните в my.cnf сочи към друга папка.