Как да инсталирам mysql от пакетен файл?

Подозирам, че %ProgramFiles% сочи към грешната папка.

Опитайте @echo %ProgramFiles% от файл, за да видите в коя папка търси. Трябва да се уверите, че не е в Program Files x86 папка.

Намерих и тази връзка, може би тя може да ви помогне?

Източник:как да получите програмни файлове x86 env променлива?

РЕДАКТИРАНЕ

За да сте сигурни, можете ли да го опитате с пълния път вместо системната променлива?

Като това,

@echo off
echo Installing MySQL Server. Please wait...

msiexec /i "mysql-installer-community-5.6.14.0.msi" /qn

echo Configurating MySQL Server...

"C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\mysqlinstanceconfig.exe" 
-i -q ServiceName=MySQL RootPassword=mysql ServerType=DEVELOPER 
DatabaseType=MYISAM Port=3306 Charset=utf8

echo Installation was successfully

или дори

@echo off
echo Installing MySQL Server. Please wait...

msiexec /i "mysql-installer-community-5.6.14.0.msi" /qn

echo Configurating MySQL Server...
cd "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\" <-- set folder first, then run executeable
mysqlinstanceconfig.exe
-i -q ServiceName=MySQL RootPassword=mysql ServerType=DEVELOPER 
DatabaseType=MYISAM Port=3306 Charset=utf8

echo Installation was successfully