Не, текущата версия (5.2.10 бета) не поддържа това.
Файловият формат обаче не е собствен - той е обикновен zip архив. Той съдържа един XML документ, който е пълният модел на база данни. Написах този въпрос SO
преди няколко месеца със същата цел, която изглежда имаш. Исках да мога да направя svn diff model.mwb
Отговорът, който получих там, ми помогна да напиша малък скрипт, който разархивира файла, преди да го предам на инструмента diff. Работи прилично и ако се интересувате мога да го публикувам някъде.
Също така съвсем наскоро стартирах нишка във форума Workbench по този въпрос. Надяваме се, че някой от екипа за разработка може да даде повече информация за това.
РЕДАКТИРАНЕ:сега се проследява от MySQL Bug #51203 с цел 6.0.
