Преброяването на всички редове в таблицата е много бавна операция; не можете наистина да го ускорите, освен ако не сте готови да преброите някъде другаде (и разбира се, това може да не се синхронизира).
Хората, които са свикнали с MyISAM, са склонни да мислят, че получават count(*) "безплатно", но всъщност не е така. MyISAM мами, като няма MVCC, което го прави доста лесно.
Заявката, която показвате, извършва пълно сканиране на индекс на ненулев индекс, което обикновено е най-бързият начин за преброяване на редовете в таблица innodb.
Трудно е да се отгатне от информацията, която сте предоставили, какво е вашето приложение, но като цяло е добре потребителите (и т.н.) да виждат близки приблизителни стойности на броя на редовете в големи таблици.