Имах същия проблем. Реших го, като направих ПРОМЕНИ КОЛОНА (или ПРОМЕНИ КОЛОНА) преди ДОБАВЯНЕ НА КОЛОНА.
Във вашия пример това ще даде следния SQL израз:
ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;