Разликата е, че молите mysql да брои всеки ред във вашето изявление, вместо просто да изхвърля. Смисълът на withCount не е, че е по-бърз, по-добре е за паметта, ако всичко, от което се нуждаете, е броене.
Например, имам връзка с хиляди елементи, богати на данни. Ако просто използвам с и след това се опитам да преброя резултатите, php ще свърши без памет, аз някога ще имам възможност да направя преброяването. Ако използвам withCount, се връща само един елемент, който ми казва колко елемента има, така че няма данък върху php паметта, но цялата работа се извършва на sql сървъра.