Сблъсквате се с проблеми с изчакването и твърде много връзки. Опитайте да намалите вашия wait_timeout и може би interactive_timeout.
Не знам дали използвате PDO (препоръчително от всички публикации, които съм виждал тук), но опитайте да направите MySQL връзката постоянна, така че да не се налага да отваря нови връзки за всяка актуализация.
