Как да получите общите най-популярни тагове от нормализирани таблици?

Можете да направите проста модификация на вашата заявка:

SELECT t.id, t.tag, COUNT(*) AS cnt
FROM tags_xref xrf INNER JOIN
     tags t
     ON xrf.tag_id = t.id
GROUP BY t.id, t.tag
ORDER BY COUNT(*) DESC
LIMIT 20;

Предполага се, че различните идентификатори са NULL когато не са подходящи. Ако по някаква странна причина всъщност сте съхранили стойности и в трите идентификатора за дадена външна връзка, можете да направите:

SELECT t.id, t.tag,
       (COUNT(story_id) + COUNT(discussion_id) + COUNT(article_id) ) AS cnt
FROM tags_xref xrf INNER JOIN
     tags t
     ON xrf.tag_id = t.id
GROUP BY t.id, t.tag
ORDER BY cnt DESC
LIMIT 20;