Първо стартирайте своя mysql, без да четете потребителската таблица:mysqld --skip-grant-tables
След това стартирайте mysql_upgrade
което вече трябва да работи гладко.
Следваща спирка на mysqld:killall mysqld
.
Сега трябва да можете да стартирате отново вашата mysql услуга нормално.