Първо влизане:HTTP Състояние 500 - Обработката на заявката неуспешна; вложеното изключение е org.springframework.transaction.CannotCreateTransactionException

Изглежда, че MySQL или защитна стена убива вашите неактивни връзки, които се мотаят във вашия пул за връзки jdbc за дълги периоди от време:

com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: Communications link failure 
The last packet successfully received from the server was 4,665,488 milliseconds ago.

Проверете стойността на wait_timeout на MySQL.

Можете да си поиграете с Настройки на DBCP напр. validationQuery, testOnBorrow и testWhileIdle.

Конфигурация, която е "колан и скоби" и вероятно ще реши проблема ви за сметка на производителността е:

<bean id="dataSource" class="org.apache.commons.dbcp.BasicDataSource" destroy-method="close">
  <property name="driverClassName" value="${jdbc.driverClassName}"/>
  <property name="url" value="${jdbc.url}"/>
  <property name="username" value="${jdbc.username}"/>
  <property name="password" value="${jdbc.password}"/>
  <property name="validationQuery" value="SELECT 1"/>
  <property name="testOnBorrow" value="true"/>
</bean>

Горното ще тества връзките всеки път, когато вземете заем от пула.